Bidang ekologi mencakup interaksi organisme dengan lingkungan, struktur komunitas, dinamika populasi, dan proses ekosistem. Karena UNTAN berada di Kalimantan Barat, ekologi lahan basah, mangrove, gambut, serta restorasi ekosistem menjadi kajian strategis. Selain itu, penelitian ekologi sangat relevan dengan isu konservasi dan pembangunan berkelanjutan. Beberapa contoh kajian ekologi misalnya kajian habitat tumbuhan dan hewan di ekosistem mangrove dan kajian cadangan karbon di kawasan agroforestri tembawang.